联手时机尚未成熟
然而，以目前形势来看，两岸全面合作、联手“保钓”的时机还未成熟。
此次撞船事件刚巧发生在两会复谈的历史性时刻，马英九在处理上显得格外谨慎。除了要关照朝野和民众意愿外，马英九更关切的是区域战略的问题——既不愿在“维护主权”的议题上失分，又怕处理不当引起两岸关系、台日关系甚至是台美关系的波动。
台湾台北大学郑又平教授在接受《国际先驱导报》专访时表示：“在两岸关系因两会协商获得重大突破之际，马英九隐身幕后，因为他得在大陆、台湾、日本三方的敏感关系中，保有弹性的策略。”
郑又平进一步解释说，“在两岸关系还远未达到绝对互信的情况下，若台湾在钓鱼岛问题上和大陆合作，台日关系将陷入恶化。此外，美国方面也不太愿意看到马英九与大陆走得太近。”
也有分析认为，两岸若联手“保钓”，恐引发岛内深绿民意反弹。因为两岸联手“保钓”意味着钓鱼岛的主权同属于两岸，由于“主权”具有排他性，一个地区的“主权”只能属于一个国家，此举也会被深绿人士解读为“马英九承认两岸同属于一个国家”，被他们炒作成“卖台”。而所谓“两岸通过交换钓鱼岛相关水文和周边的情报”的“军事合作”，更因两岸还远未达到军事互信的程度，在短期内难以实现。
因此，谨慎小心的马英九还不会考虑和大陆进行合作，而是保持强硬的语调，继续对日方施压，同时会加强“护渔”行动，伺机争取和日本进行“渔权”谈判。事件的各方，也都各自会找台阶下。
两岸可以间接合作
至于大陆方面，在钓鱼岛议题上至今与台湾还未有过阳光下的探讨，自然不可能匆忙与台湾联手采取行动。但郑又平教授建议说，“虽然台面上不便合作，但是大陆方面可以协助台湾的渔民团体，给予一定支持，这是台湾民众所乐于看到的。”
正如两会复谈中双方充分体现出来的务实灵活态度一样，目前两岸虽说通过直接合作、联手“保钓”难以成行，但是未来在处理类似危机时，两岸可以各自扮演好自己的角色，保持高度默契。
台湾方面可以在“渔权纠纷”上做文章，加强护渔行动；大陆方面则可以继续在国际舞台上发挥自己的影响力，向国际社会表达两岸人民的共同诉求。
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